貴船神社は今から約850年前、平治元年（1159年）京都に都があった頃、源氏勢と平清盛勢が勢力争いをした平治の乱で源氏方が敗れた。源氏方の重臣、正山坊が逃れる際に、京都貴船の神を分身して、宮伝の地に「闇龗神」「高龗神」の二神を祀ったのが始まりと言われている。
二柱の神様は、祈雨・止雨・五穀豊穣・縁結び・商業の守護神とも言われている。
江戸後期の国学者、紀行家の菅江真澄が天明五年（1785年）4月21日に貴船の宮にお参りした。
“おもの河わたりえし身のかひありて ここにきふねの神ぞまします”（小野のふるさとより）
お祭りの日には水難を祈り五穀豊穣を願い商売繁盛、良縁を祈る人々で賑わう。
現社殿は文化年間の建立と言われている。
例祭は九月十日に執り行われている。